Zakłady
W Instytucie Historycznym działa obecnie osiem zakładów, realizujących prace badawcze i dydaktykę odpowiednio dla kolejnych epok historycznych oraz w zakresie nauk pomocniczych historii i dydaktyki historii. Status samodzielnego zakładu ma także Centrum Badania i Nauczania Dziejów i Kultury Żydów w Polsce im. Mordechaja Anielewicza. W strukturze IH wyodrębnione zostały także dwa zespoły badawcze o charakterze ponadepokowym, prowadzące badania nad historią kultury staropolskiej i dziejami społecznymi XIX i XX w.